Peroxid vodíku potravinářské kvality je vysoce účinný a širokospektrální dezinfekční prostředek v řádu dezinfekčních prostředků. Protože nezanechá škodlivé zbytky po dezinfekci a sterilizaci, stal se bezpečným, zeleným a zdravým jídlem.
Hydroxylové molekuly v peroxidu vodíku potravinářské kvality a jeho derivátech mohou přímo působit na vnější strukturální membránu bakterií, ničit bariéru prostoutlivosti bakterií a zničit systém materiálové rovnováhy uvnitř i vně bakterií a způsobit smrt. Volné molekuly hydroxylu peroxidu vodíku mohou přímo reagovat s proteiny a nukleovými kyselinami mikroorganismů, což způsobuje zničení jejich struktury a vede k smrti.
Studie také zjistily, že produkty rozkladu peroxidu vodíku mohou inhibovat bakteriální enzymový systém a reagovat s aminokyselinami v řetězci enzymatických bílkovin.