Peroxid vodíku se často používá při čištění organických odpadních vod s vysokou koncentrací. Obecně je koncentrace 30%, což je častější. Používá se v kombinaci s kyselinou sírovou nebo chloridem železnatým. Prostředí použití shu je asi 3, tato metoda se jmenuje Fenton. Poznámka: PH musí být dobře kontrolováno, jinak nebude účinek dobrý.
Za druhé, peroxid vodíku se rozloží, když je vystaven světlu, což vyžaduje tmavé skladovací nádoby. Je to silný oxidant a je třeba jej pečlivě skladovat. Kromě toho se po přidání peroxidu vodíku vytvoří spousta bublin, takže je třeba přidat odpěňovač.
